Dla obszarów Natura 2000 nie ustanawia się zakazów, tak jak dla innych form ochrony przyrody, np. parków narodowych. Ochrona na obszarach Natura 2000 opiera się przede wszystkim na ograniczaniu podejmowania działań mogących w znaczący sposób pogorszyć stan siedlisk przyrodniczych oraz siedlisk gatunków roślin i zwierząt, a także w znaczący sposób wpłynąć negatywnie na gatunki, dla których ochrony został wyznaczony obszar Natura 2000.
Przedsięwzięcia, których realizacja jest obojętna dla przedmiotu ochrony mogą być realizowane.